Ebay商业模式的根本缺陷在于，它无法控制买卖双方的资金流动，因此很难根治网上商业欺诈。从2005年以后，在Ebay上买东西越来越不让人放心，Ebay的成长呈现出饱和的态势。在一些季度里，它除去在线支付部门 Paypal后营业额的增长只比通货膨胀率高一点。而在电子商务领域挑战Ebay的是亚马逊(Amazon)。
亚马逊始于在线书店，在较长的时间里很难说它是否是一个技术公司。它的创始人Bezos是一位纽约华尔街的分析师。亚马逊里面一直讲述着这样一个Bezos创立公司的玩笑。在互联网刚开始起步的1994年，Bezos决定自己开一家网上收货的公司。他知道硅谷有许多优秀的工程师，于是驾车横跨北美大陆从大西洋边上的纽约一直开到美国西部太平洋的海岸，快开到美国西岸时，Bezos走错了路，本来该南下到加州硅谷，却北上到了西雅图。后来他发现西雅图同样有大量优秀的工程师，就决定在那里发展，办起了亚马逊。实际上，Bezos选择西雅图而不是加州的原因主要是为了让加州顾客省去高达8.25%的销售税，以刺激亚马逊的销售。在美国，通过互联网从外州购物，可以免去本周的销售税。(这个做法颇有争议，当时的总统克林顿决定将这个问题暂时搁置起来，这在一定程度上刺激了电子商务的发展。)加州的居民占美国人口的十分之一强，以及在线购买力的五分之一，出于这一点考虑，网上的商店不宜建在加州。
亚马逊的电子商务在早期以售书最为成功，这原因是买书不像卖衣服，不用“试”，而且不能随便退货，因此比较适合在网上销售。借着上个世纪末互联网高速发展的春风，亚马逊只用的七年时间就到达了美国最大的连锁书店Barnes & Noble花了一百三十年才达到的营业额(2002年亚马逊的营业额达到的三十九亿美元而同期Barnes & Noble为三十七亿美元)。即使在互联网泡沫破碎后的2001年，亚马逊不但没有关门，而且首次实现盈利。当然，光靠在网上售书，亚马逊的发展用不了几年就会到头。但是，亚马逊将它的商业模式略作修改，一下从世界上最大的在线书店发展到美国的在线百货店，从此它获得了可持续发展的空间。
亚马逊的网站包括自己的网上商店和其它电子商务公司的网上零售店，就好比一个百货商厦中既有自己的柜台也有厂家直接负责的租赁柜台。和百货商厦不同的是，亚马逊租赁柜台的“营业面积”可以无限大。对于互联网上的各种大小商店，它们即可以通过自己打广告做生意，也可以到亚马逊去租一个柜台，这就像一些厂家可以自己开销售门市部，也可以到商厦租赁柜台一样。当然很多在线商店会选择同时保留这两个种方式。和Ebay不同的是，在亚马逊开“商店”所有的交易必须通过亚马逊完成。当一个顾客要到亚马逊上的某家商店，比如卖照相机的beach camera，来买东西，他看好货以后，将钱付给亚马逊，同时通知beach camera发货，beach camera除了知道顾客的地址外，不知道任何顾客支付信息，比如信用卡号。当beach camera发货后，亚马逊将钱(扣除手续费后)付给beach camera。如果顾客在亚马逊规定的时间内没有收到商品，他可以告诉亚马逊，亚马逊会退钱给顾客。(当然，它也会从商家把钱要回来，如果要不会来则由亚马逊或者保险公司承担客户的损失。)亚马逊还规定了每种商品的最高计费，避免了一些商家以低价格吸引顾客，然后收取高额邮费的做法。(在Ebay上，有些商品标价一分钱，却要收取十几美元的邮费。)亚马逊为每一笔交易买一笔保险，这样一旦出现了有意的欺诈行为和无意丢失商品，保险公司将支付亚马逊的损失。
从亚马逊买东西，顾客大可以放心，因为它会为顾客保守信用卡信息并且负责每一笔交易的顺利完成。近几年来，随着消费者对互联网上的信息安全越来越关注，大家对Ebay这种甩手掌柜的模式越来越缺乏信心，而对亚马逊这种集中式管理并且负责到底的模式越来越接受。因此，从2006年起，亚马逊上的在线商店数量增长很快，交易量每年以两位百分数增长。当然，亚马逊为了防止其它在线书店和它自己的核心业务竞争，它对于其它商家卖自己商店里没有的商品比如电器，收费非常低，而对于卖书和其它亚马逊自己主推的商品，收费非常高，这样鼓励那些补充它自己商业覆盖面的商店。
亚马逊的在线商厦和在线交易处理的平台一旦完成，它也就成为了一台印钞机。只要不断有商家在亚马逊开店，只要不断有顾客到亚马逊找东西，它就不需要花任何人力，就可以自动挣到钱。而亚马逊要做的事就是把这个平台管理好。亚马逊的印钞机比Ebay的好处是它能让消费者放心，因此长期发展的潜力更大
