安娜认为人在幼儿时期，个体的自我十分软弱，行为常常受本我驱使。随着儿童的发展，在社会现实和教育的影响下，儿童的自我和本我都发生了变化。自我不再是一味地服从本我
弗洛伊德作为临床实验和治疗的床，它对客观现实的态度逐渐超越了俄狄浦斯情结。
儿童进入青春期之后，他(她)就不再完全依赖父母，认同作用开始取代他的客体爱(object—love)。此时他的自我能够控制本我的愿望满足了，父母和教师对儿童的希望、要求和理想等都在儿童的内心发生了心力内投。这时超我开始建立起来，就是说，青春期的自我在控制本能过程的斗争中获得了一个新的同伴——超我。在这种情况下，自我就不再无节制地满足本我的欲望，否则它就会同超我发生冲突，而受到良心的谴责。然而自我和本我之间并未停止斗争。随着生理过程的发展，出现了本能过程的新刺激，这就是力比多参与到青春期的生理过程中来了。使自我和本我之间的关系遭到了破坏，心理平衡被打破，这两种结构之间出现了新的内部冲突。最初，受本我控制的力比多还比较少，随着青春期生理过程的发展，受本我控制的力比多数量日益增多。如攻击性冲动，嗜食，顽皮，对口欲和肛欲的兴趣，粗鲁野蛮的行为，以及童年早期的某些性观念等都开始表现出来。不过，现在的情况与童年期不同，青春期的自我一方面要满足本我，另一方面还要根据超我的要求(即按照社会道德标准)办事，有时为了压抑本我的本能冲动，或者为了防止由此而引起的焦虑，自我便尽可能多地使用各种防御机制，力图以此来改变心理上的失调，进一步适应环境和使心理得到安慰。
她认为，自我是一个媒介，要了解本我和超我，必须通过自我。这样的自我观，自然让她的治疗观也不同，她说：“研究本我及其活动方式永远不过是达到目的手段。我们的目的是始终如一的：及矫正心理异常，使自我恢复其统一性。”
精神分析学书籍据说她的自我观是她父亲的自我心理学思想的发展，她给父亲做了16年的秘书，这种说法也是可信的。弗洛伊德在写《论自恋》(1914)的时候就提出了自我本能，就描述了自我依照现实原则行事的功能。到1923年的时候，在《自我和本我》中，他就已经不把自我仅仅当做一种本能形式来处理，而把自我当作一个独立的结构。但在《精神分析纲要》中，他还是坚持认为自我的能量来自本我。
安娜·弗洛伊德的观点和弗洛伊德的观点有些近似，但出发点不同。弗洛伊德到死都不忘他的科学心理学的任务，这离开了他的metapsychology是不行的。安娜则只想用理论说明、解释、指导临床工作，自然是研究ego就够了。安娜是哈特曼和埃里克森的老师，这两个人的理论中都有安娜的理论的影子。他们的理论又对客体关系学派有重要的影响。由自我心理学出发，安娜论述了她的两大理论成就——防御机制和儿童精神分析。
自我防御机制
弗洛伊德断断续续地提出了一些自我防御机制。安娜·弗洛伊德对此做了系统的归纳。她整理了其父亲提出的十种防御机制，又补充了她自己提出的五种防御机制。在安娜看来，这些自我防御机制可以作为临床诊断的标志，作为探讨神经症起因的必要手段。
安娜在伦敦的时候，观察了一些战争创伤后长大的儿童，这些孩子一、两岁就失去父母，颠沛流离。她说“这些 孩子非常神经过敏，心神不安，富有攻击性，难以控制。他们表现出一种强烈的自体性欲行为(autoeroticism)，有些人甚至出现了神经症状的萌芽，但是他们既不是有先天缺陷者，也不是有违法犯罪行为者，更不是精神病患者。”从这些观察和分析中，安娜坚定地认为生命初期的环境对儿童心理发展具有至关重要的作用。她甚至认为“个性的一切特征在五岁以前就确定了。”
在长期的临床实践中，安娜愈益清楚地认识到，对儿童的精神分析比单纯把正统的精神分析理论运用到儿童之中更为复杂。安娜认为，儿童正在向成熟发展，他的身心既是脆弱的，又隐含着巨大发展的可塑性。所以儿童分析者不要把注意力完全集中在神经症状上，而应该集中在儿童未来的心理健康这一发展目标上。在安娜看来，具体的神经症状只是儿童心理问题的一小部分，而真正威胁儿童心理发展的障碍却主要在于他所关心的对象，是它导致和控制着儿童的神经症状。此外，即使儿童在行为方面表现出明显的神经症状时，这些症状在儿童的生活史中也具有和成人大不相同的含义。因此，儿童精神分析决不能完全照搬正统精神分析的方法。安娜提出了一种新的分析体系，它强调的是人格的形成，探索的是造成人格畸形发展的原因，高度重视的是对人格健康发展的严重威胁，而对那些给儿童的心理发展造成的不太严重但又不可避免的伤害则不予理睬。
